Débogage du TELEMAC

CLASSES CRITICAL SHEAR STRESS FOR MUD DEPOSITION = 0.011; 0.011; 0.011; 0.011

CLASSES CRITICAL SHEAR STRESS FOR MUD DEPOSITION = 0.011; 0.011
; 0.011; 0.011

Fichiers de direction (CAS)¶

• Préférez : sur =

• Placez tous les fichiers modèles dans le même dossier et ** utilisez uniquement des noms de fichiers** sans les répertoires de fichiers.

Fichier Mesh¶

Meshes à haute résolution¶

Cette section est co-écrite par Federica Scolari.

Pour créer des maillages très fins avec une taille de grille inférieure à 1,0 m, un fichier de géométrie selafin (*.slf) doit être enregistré au format double précision (SERAFIND). Autrement, les bords des limites du modèle peuvent ne pas être bien représentés dans le maillage de calcul. Figure 1 illustre la perte de précision des limites lorsque l’on utilise une seule précision (a) au lieu de la double précision (b).

Contrôle de cohérence du mesh intégré¶

Pour vérifier si TELEMAC peut lire le maillage, chargez l’environnement TELEMAC (par exemple, source pysource.openmpi.sh) et allez dans le répertoire où le maillage à vérifier vit et lancez mdump, par exemple :

cd ~/telemac/studies/test-case/
mdump mesh-to-test.med

Jusqu’à la rédaction de ce tutoriel, mdump demande des variables d’entrée en français*, ce qui signifie :

• Mode d’affichage de noeuds? qui signifie
  English: Mode d’affichage de node?

  • Option 1: Mode entrelacé

  • Option 2: Mode non entrelacé

• Connectivité des éléments? qui signifie
  English: Connectabilité d’élément?

  • Option 1: Nodal

  • Option 2: Descending

• Il y a 1 courrier(s) de type local dans ce fichier. Lequel voulez-vous lire (0 pour tous=1=2=3=3=? qui signifie
  English: Il y a 1 maillage(s) local(s) dans ce fichier. Lequel voulez-vous lire (0 pour tous ou pour tous ?

  • Option 0: Tout lire

  • Option i: Lisez le numéro de maillage i

Une combinaison de réponses standard de 1 - 1 - 0 entraînera une impression de console de tous les nœuds et connexions entre les nœuds dans le maillage, étant donné que TELEMAC peut lire le fichier maillage. En commençant par :

(**********************************************************)
(* INFORMATIONS GENERALES SUR LE MAILLAGE DE CALCUL N°01: *)
(**********************************************************)

- Nom du maillage : <<Mesh_Hn_1>>
- Dimension du maillage : 2
- Type du maillage : MED_NON_STRUCTURE
- Description associee au maillage :

(**********************************************************************************)
(* MAILLAGE DE CALCUL |Mesh_Hn_1| n°01 A L'ETAPE DE CALCUL (n°dt,n°it)=(-01,-01): *)
(**********************************************************************************)
- Nombre de noeuds : 243
- Nombre de mailles de type MED_SEG2 : 80
- Nombre de mailles de type MED_TRIA3 : 404
- Nombre de familles : 15

[...]

Ce que signifie cette sortie: Si mdump peut lire le maillage, le fichier maillage lui-même est correct et les erreurs de calcul potentielles proviennent d’autres fichiers comme le fichier de direction ou les conditions limites. Sinon, réviser le fichier maillage et résoudre tout problème potentiel.

Limites¶

Cette section est co-écrite par Federica Scolari.

Pas d’eau dans le modèle¶

Simulations erronées où ** aucune eau n’entre ou ne sort** le domaine a probablement des conditions limites mal définies. Par exemple, considérez les limites ouvertes indiquées à Fig. 2 avec prescribed Q (4 5 5) en amont et prescribed H (5 4 4) en aval.

Intuitivement, vous pouvez penser que la limite en amont est le numéro (1) et la limite en aval le numéro (2). Cependant, l’ordre de numérotation des limites dépend de l’ordre de définition lors de la configuration des limites (par exemple, décrit dans le BlueKenue pre-processing tutorial). Si vous ne vous souvenez pas de l’ordre de définition, il peut être lu dans le fichier limite (*.cli) à tout moment. Par exemple, le fichier limite pour le mesh ci-dessus (Fig. 2) ressemble à la représentation en Fig. 3 où le Outlet est défini ci-dessus le Inlet. Par conséquent, la limite ouverte ** en aval (sortie) est le numéro (1)** et la limite ouverte ** en amont (entrée) est le numéro (2)** dans cette simulation.

Ainsi, ces deux limites doivent être référencées dans le fichier de direction (*.cas) comme suit pour prescrire un débit Q (p. ex., 10 m$^3$/s) en amont et une profondeur H (p. ex., 0,75 m) en aval :

PRESCRIBED FLOWRATES : 0.;10
PRESCRIBED DEPTHS : 0.75;0.

Problème sur le nombre de bornes (Simulation Stop)¶

Cette section guide les messages d’erreur de débogage tels que:

DEBIMP_2D: PROBLEM ON BOUNDARY NUMBER       2
      GIVE A VELOCITY PROFILE
      IN THE BOUNDARY CONDITIONS FILE
      OR CHECK THE WATER DEPTHS
      OTHER POSSIBLE CAUSE:
      SUPERCRITICAL ENTRANCE WITH FREE DEPTH

Pour obtenir une meilleure appréciation de la cause de l’erreur (par exemple, pour comprendre si les conditions de flux supercritiques à l’entrée sont la cause), ajouter le Froude number aux variables de sortie dans le fichier de direction (*.cas). À cette fin, ajouter F au mot clé de la variable de sortie :

VARIABLES FOR GRAPHIC PRINTOUTS : U,V,H,S,Q,F

Avec plus de précision de la cause de l’erreur, essayez l’une des options suivantes:

Limites supercritiques à l’entrée Pour les conditions de débit supercritiques à l’entrée, assurez-vous qu’une limite prescribed Q and H obtient également une décharge et une profondeur assignées dans le dossier de direction. Par exemple, si l’inlet dans Figures 2 et 3 était 5 5 5 (prescribed Q and H) au lieu de 4 5 5, le fichier de pilotage doit prescrire des débits et des profondeurs. Par exemple, ajoutez une profondeur de 0.9 pour l’entrée comme suit :

PRESCRIBED FLOWRATES : 0.;10
PRESCRIBED DEPTHS : 0.75;0.9

Modifier le profil de vitesse (vertical)

La définition d’un mot clé VELOCITY PROFILE dans le fichier de pilotage est expliquée dans le steady2d tutorial dans ce livre électronique. L’ajout VERTICAL s’applique uniquement aux modèles 3d (lisez plus dans le Telemac 3d (SLF) section).

Modèles 3d avec des limites supercritiques

Trop de couches verticales peuvent entraîner des éléments de maille 3d très minces qui provoquent des flux supercritiques localement. Ainsi, envisagez de réduire le NUMBER OF HORIZONTAL LEVELS dans le fichier de direction pour satisfaire l’état CFL.

Gaia (Morphodynamique)¶

CONDITIONS FONDAMENTALES NON RETENUES¶

TELEMAC-Gaia peut interrompre un message d’erreur comme KEYWORD: [...] UNKNOWN BOUNDARY CONDITIONS FILE .... Ce message signifie que le type de condition limite dans le fichier *.cli ne correspond pas aux conditions limites définies dans le fichier *.cas. Par exemple, si la colonne limite du traceur (charge suspendue) (9 dans le fichier Gaia *.cli pour CBOR) est définie à 5, essayez d’utiliser EQUILIBRIUM INFLOW CONCENTRATION : YES ou double-vérifiez les nombres définis pour le mot-clé PRESCRIBED SUSPENDED SEDIMENTS CONCENTRATION VALEURS.

En savoir plus sur la configuration des fichiers de conditions limites pour Gaia dans le Gaia Basics section. La définition des types de limites dans le fichier de direction Gaia est décrite séparément pour bedload et suspended load.

BlueKenue¶

Cette section est co-écrite par Federica Scolari.

BlueKenue peut lancer des erreurs ou ne pas afficher correctement lorsque vous travaillez avec des mailles 3d. Certains des problèmes peuvent être résolus en utilisant la dernière version de BlueKenue (v3.12.2-alpha au moment de la rédaction de cet article).

OnFileOpendata(): ERROR: sur Activer()

** Causes :** Le message d’erreur se produit généralement avec des modèles parallélisés lorsque Telemac3d / PARTEL n’a pas correctement fusionné le maillage à la fin de la simulation.

Solution: Force TELEMAC à ne pas supprimer le dossier de simulation temporaire (un dossier qui est visible dans le répertoire de simulation par défaut seulement pendant qu’une simulation est en cours). Conserver le répertoire de calcul temporaire est réalisé en ajoutant un drapeau -t à la fin de la commande de simulation. Par exemple, tapez sur ce qui suit pour conserver le dossier de simulation pour une simulation Telemac3d (lisez davantage à l’annexe A du Manuel Telemac3d):

telemac3d.py steering-file.cas -t

Le dossier temporaire contient des fichiers T3DRES (mesh partition) qui peuvent être fusionnés puis ouverts dans BlueKenue. Pour fusionner les fichiers T3DRES, exécutez la commande suivante (assurez-vous que l’environnement TELEMAC est toujours activé avec source pysource.YOUR-ENV.sh):

runcode.py --merge -w temp_directory/ telemac3d file.cas

Pour obtenir de l’aide pour exécuter cette commande, lisez cette entrée de forum TELEMAC.

Pour mises à jour sur ce message, suivez le thread BlueKenue dans le forum TELEMAC pour le dépannage des mises à jour sur cette erreur.

Plugin PostTelemac¶

Certaines versions de QGIS peuvent lancer une erreur Python (cadre jaune dans la région supérieure de la vue de carte) et un clic sur Stack révèle un message d’erreur. Au bas du message d’erreur, il peut être écrit import error: no module named gdal. L’erreur provient probablement d’une déclaration d’importation dans l’un des scripts Python du plugin PostTelemac. Pour résoudre l’erreur d’importation de gdal, trouvez le script Python qui soulève le message d’erreur. Par exemple, le script posttelemac_hdf_parser.py peut causer l’erreur par son énoncé import gdal. Pour dépanner, ouvrir et sous Windows, vous pouvez le trouver dans le répertoire suivant:

C:\Users\USERNAME\AppData\Roaming\QGIS\QGIS3\profiles\default\python\plugins\PostTelemac\meshlayerparsers\posttelemac_hdf_parser.py

Dans le fichier ouvert :

• Ouvrir le fichier concerné, qui est ici : posttelemac_hdf_parser.py

• Find the import gdal statement and **replace it with from osgeo import gdal (i.e., import gdal and write from osgeo import gdal)

• Enregistrer et fermer le fichier Python.

Essayez de démarrer le plugin PostTelemac. Il devrait fonctionner sans problèmes maintenant.

SALOME-HYDRO¶

SALOME-HYDRO ne commence pas (Kernel/Session)¶

Si un message d’erreur est soulevé par Kernel/Session dans le Naming Service, il finit généralement par

$ [Errno 3] No such process ... 
 RuntimeError: Process NUMBER for Kernel/Session not found

Il y a plusieurs origines possibles de telles erreurs qui s’enracinent partiellement dans les versions de bibliothèque potentiellement codées en dur de l’installateur. Les options de dépannage suivantes existent, mais celles-ci nécessitent un examen attentif car elles pourraient nuire au système d’exploitation:

• Créez manuellement des copies de bibliothèques plus récentes avec les noms des anciennes versions. Par exemple,

• Dans la 4ème ligne après avoir lancé ./salome, Kernel/Session peut inviter

$ error while loading [...] libSOMETHING.so.20 cannot open [...] No such file or directory

• Identifiez la version installée avec whereis libSOMETHING.so.20 (remplacez libSOMETHING.so.20 avec la bibliothèque manquante); par exemple, cette commande peut sortir

$ /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSOMETHING.so.40

• Créez une copie de la bibliothèque plus récente et renommez la copie selon les besoins de SALOME; par exemple, appuyez sur

sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSOMETHING.so.40 usr/lib/x86_64-linux-gnu/libSOMETHING.so.20

• Très probablement, les fichiers suivants doivent être copiés:

sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi.so.20
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicui18n.so.63 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicui18n.so.57
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicuuc.so.63 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicuuc.so.57
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicudata.so.63 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicudata.so.57
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdf.so.13 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnetcdf.so.11
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_usempif08.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_usempif08.so.20
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_java.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_java.so.20
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_cxx.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_cxx.so.20
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_mpifh.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_mpifh.so.20
sudo cp /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_usempi_ignore_tkr.so.40 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpi_usempi_ignore_tkr.so.20

• Remplacer la version interne de Qt de SALOME-HYDRO :

• Copier

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libQtCore.so.5

• Coller (confirmer en remplaçant libQtCore.so.5)

/Salome-V2_2/prerequisites/Qt-591/lib/

Support GUI/Qt5 (compatibilité avec la version GTK)¶

Avec les versions les plus récentes de la plateforme Qt, toute entrée de menu dans SALOME-HYDRO ne s’affichera pas. Pour résoudre ce problème, installez et configurez qt5ct styles:

sudo apt install qt5-style-plugins libnlopt0 qt5ct

Puis :

• Configurez qt5ct (appuyez sur qt5ct dans Terminal)

• Aller à l’onglet Apparence

• Définir Style à gtk2 et * boîte de dialogue standard* à GTK2

• Cliquez sur Appliquer et OK

• Ouvrez le fichier ~/.profile (par exemple, utilisez le navigateur de fichiers, allez dans le dossier Home et appuyez sur CTRL + H pour basculer en regardant les fichiers cachés) et ajoutez au bas du fichier :

export QT_STYLE_OVERRIDE=gtk2
export QT_QPA_PLATFORMTHEME=qt5ct

• Enregistrer et fermer .profile et redémarrer (ou simplement re-login).

En savoir plus sur Qt à archlinux.org et dans arch wiki.